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Glossaire

• Å : unité de mesure de distance, 1 Å = 10^-10^ m
• A, T, G, C : adénine, thymine, guanine, cytosine
• ADN : acide désoxyribonucléique
• AFM : atomic force microscopy, microscopie à force atomique, technique consistant à sonder une surface avec une pointe microscopique, permet de mesurer la hauteur en chaque point de la surface
• ALT : alternative lengthening of telomeres, voie d'élongation des télomères indépendante de la télomérase
• ARN : acide ribonucléique
• ATM : ataxia telangiectasia mutated, protéine kinase initiant la voie DDR
• ATP : adénosine triphosphate
• ATR : ataxia telangiectasia and Rad3 related, protéine kinase initiant la voie DDR
• BRCT : BRCA1 C-terminus, domaine C-terminal de la protéine BRCA1, désigne par extension la famille de domaines homologues
• CCE1 : résolvase mitochodriale de levure
• Cdc13 : protéique télomérique de S. cerevisiae liant l'ADN simple brin et appartenant au complexe CST
• ChIP : chromatin immunoprécipitation, technique de biologie moléculaire permettant de déterminer les régions du génome auxquelles se lie une protéine donnée
• CO-FISH : chromosome-orientation fluorescence in situ hybridization, technique de marquage fluorescent spécifique d'un brin
• CST : complexe formé par Cdc13, Stn1 et Ten1
• CV : column volume soit en français volumes de colonne
• D-loop : displacement loop, boucle d'ADN simple-brin formée suite à l'invasion d'un duplex par un simple-brin
• DAPI : 4',6-diamidino-2-phenylindole, intercalant de l'ADN utilisé comme marqueur fluorescent non spécifique d'une séquence
• db : double-brin
• dCMP : désoxycytidine monophosphate
• DDR : DNA damage response, voie de signalisation des dommages à l'ADN
• DNA-PKcs : sous-unité catalytique de la protéine kinase dépendante de l'ADN, initiant la voie DDR
• DNaseI : endonucléase I
• DSBR : double-strand break repair, réparation des cassures double-brin de l'ADN
• EDTA : éthylène diamine tétra-acétique (chélateur des cations divalents)
• FISH : fluorescence in situ hybridization, technique de détection de séquence d'ADN in situ
• GEN1 : résolvase humaine
• GFP : green fluorescent protein
• GST : glutathione S-transférase
• H2AX : variant de l'hitone H2A, phosphorylé par ATM lors de l'activation de la voie DDR
• HeT-A, TART, TAHRE : rétro-transposons télomériques de Drosophila melanogaster
• HipHop : protéine télomérique de drosophile
• HOAP : protéine télomérique de drosophile
• IPTG : isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside (inducteur synthétique non hydrolisable de l'opéron lactose)
• ITC : isothermal titration calorimetry, titration calorimétrique isotherme, technique de biophysique permettant de mesurer les paramètres thermodynamiques des interactions entre molécules purifiées
• K : unité de mesure de température (degré Kelvin), 273 K = 0 °C
• KA : constante d'équilibre d'association (unité M^-1^)
• kb : 1000 pb
• KD : constante d'équilibre de dissociation (unité M)
• MCPH1 : microcephalin 1
• Moi : protéine télomérique de drosophile
• MRE11 : meiotic recombination 11
• MRN : complexe formé par MRE11, RAD50 et NBS1
• Myb : domaine structural à trois hélices
• NBS1 : nibrin
• NHEJ : non-homologous end-joining, voie de réparation des cassures double-brin de l'ADN
• NLS : nuclear localization signal, signal de localisation nucléaire
• OB-fold : oligonucleotide-binding fold, domaine de liaison à l'ADN simple-brin
• PARP1 : poly-ADP rybosylase protein 1
• Pat1 : protéine télomérique de Tetrahymena thermophila
• Pat2: protéine télomérique de Tetrahymena thermophila
• pb : paires de bases
• PBS : phosphate buffered saline
• PCA : protein complementation assay, technique de biologie moléculaire permettant de détecter des interactions protéine-protéine dans des cellules en culture
• PDB : protein data bank, dépôt centralisé de structures tridimensionnelles de macromolécules
• PMSF : fluorure de phénylméthylsulfonyl (inhibiteur des protéases à sérine)
• PNUTS : phosphatase nuclear targeting subunit, protéine partenaire du shelterin
• Pot1 : protection of telomeres 1, protéine télomérique de liaison aux répétitions simple-brin
• POT1 : protection of telomeres 1, protéine télomérique de liaison aux répétitions simple-brin
• Pot1a : protection of telomeres 1, protéine télomérique de liaison aux répétitions simple-brin
• Poz1 : protéine télomérique de S. pombe
• qsp : quantité suffisante pour
• RAD50 : radiation sensitive mutant 50
• Rap1 : repressor/activator protein 1
• RAP1 : repressor/activator protein 1, protéine du complexe shelterin
• RAP1-ARAGA : RAP1 humaine dont les résidus du motif TBM sont mutés en alanine
• RBM : RAP1-binding motif, région de TRF2 liant le domaine C-terminal de RAP1
• RCT : RAP1 C-terminus, domaine C-terminal de RAP1
• ResT : résolvase de télomères de Borrelia burgdorferi
• Rif : Rap1 interacting factor, protéine télomérique de levure (1 ou 2), partenaire de Rap1
• RMN : résonnance magnétique nucléaire, technique de biologie structurale permettant d'étudier des molécules en solution
• RPA : replication protein A, protéine de liaison à l'ADN simple-brin
• SAXS, SEC-SAXS : small angle X-ray scattering, diffusion des rayons X aux petits angles, et size-exclusion chromatography - SAXS, chromatographie d'exclusion stérique couplée à la mesure de diffusion des rayons X aux petits angles
• sb : simple-brin
• SPR : surface plasmon resonance, résonance plasmonique de surface, technique de biophysique permettant de mesurer les vitesses d'association et de dissociation de complexes entre molécules purifiées (l'une des deux étant immobilisée)
• SDS-PAGE : sodium dodecyl sulfate - polyacrylamide gel electrophoresis, électrophorèse sur gel de polyacrylamide en conditions dénaturantes
• SDSA : synthesis-dependant strand annealing
• shRNA : short hairpin RNA, outil de biologie moléculaire permettant de réduire l'expression d'un gène en dégradant l'ARN messager correspondant
• Sir : silent information regulator, protéines de S. cerevisiae responsables de la répression transcriptionnelle
• SLX4 : Fanconi anemia protein, protéine humaine partenaire de TRF2
• Stn1 : protéine télomérique de S. cerevisiae appartenant au complexe CST
• STORM : stochastic optical reconstruction microscopy, technique de microscopie dite à "super-résolution"
• T : température
• T-SCE : telomere sister-chromatid exchange, échange de télomères entre chromatides soeurs
• TAE : Tris-acétate/EDTA
• Taz1 : orthologue de TRF1/2 chez S. pombe
• Tbf1 : TTAGGG repeat-binding factor 1, orthologue de TRF1/2 chez S. cerevisiae
• TBM : TRFH-binding motif, motif de liaison au domaine TRFH, de séquence consensus YxLxP ou YRL pour la liaison à TRF2
• TEBP α, β : telomere end-binding proteins α, β, protéines télomériques d'Oxytricha nova
• TelA : résolvase de télomères d'Agrobacterium tumefaciens
• TelK : résolvase de télomères d'un bactériophage
• TeloPIN : Telomeric Proteins Interaction Network, base de données recensant les partenaires des protéines du shelterin
• Ten1 : protéine télomérique de S. cerevisiae appartenant au complexe CST
• TERT : telomerase reverse transcriptase, sous-unité rétro-transcriptase de la télomérase
• TIF : telomere dysfunction-induced foci, foyers de dommages télomériques
• TIN2 : TRF1-interacting nuclear factor 2, protéine du complexe shelterin
• TP : terminal protein, protéine terminale des Streptomyces
• TPP1 : protéine du shelterin reliant TIN2 et POT1
• Tpt1 : protéine télomérique de Tetrahymena thermophila
• Tpz1 : protéine télomérique de S. pombe
• TR, TERC : telomerase RNA component, sous-unité ARN de la télomérase
• TRF1 et TRF2 : telomere repeat-binding factor 1 & 2, protéines télomériques de liaison aux répétitions double-brin chez les eucaryotes supérieurs, formant le complexe shelterin
• TRFH : TRF homology domain, domaine de dimérisation des protéines de la famille des TRF
• Ver : protéine télomérique de drosophile
• VIH : virus de l'immunodéficience humaine
• WRN : Werner syndrome protein, hélicase dont les déficiences provoquent le syndrome de Werner
• XRCC4 : X-ray repair cross-complementing protein 4, protéine de la voie NHEJ
• YFP : yellow fluorescent protein
• YxLxP : Motif consensus d'interaction avec le domaine TRFH de TRF2
• ΔG : variation d'enthalpie libre
• ΔH : variation d'enthalpie (chaleur échangée au cours d'une réaction ou de la formation d'un complexe)
• ΔS : variation d'entropie