Makefile.in

CC=@CC@
LD=@CC@
LDFLAGS=@LDFLAGS@
LIBS=@LIBS@
CFLAGS=@CFLAGS@
PREFIX=@prefix@

DESTDIR		?=
BINDIR 		= $(PREFIX)/bin
LIBDIR 		= $(PREFIX)/lib
SRCDIR		= $(PREFIX)/src
INCLUDEDIR	= $(PREFIX)/include

ifeq ($(shell uname), Darwin)
EXT_SHARED = dylib
CFLAGS += -dynamiclib
else
EXT_SHARED = so
CFLAGS += -fPIC
endif

BFT_SRC_DIR	= src
BFT_INC_DIR	= include
BFT_CPPFLAGS	= -I$(BFT_INC_DIR)
BFT_FLAGS	= $(BFT_CPPFLAGS) $(CFLAGS)

BFT_FILES_O := $(BFT_SRC_DIR)/getRSS.o $(BFT_SRC_DIR)/annotation.o $(BFT_SRC_DIR)/branchingNode.o $(BFT_SRC_DIR)/popcnt.o\
	$(BFT_SRC_DIR)/log2.o $(BFT_SRC_DIR)/extract_kmers.o $(BFT_SRC_DIR)/fasta.o $(BFT_SRC_DIR)/file_io.o $(BFT_SRC_DIR)/Node.o\
	$(BFT_SRC_DIR)/UC.o $(BFT_SRC_DIR)/insertNode.o $(BFT_SRC_DIR)/bft.o $(BFT_SRC_DIR)/intersection.o $(BFT_SRC_DIR)/list.o \
	$(BFT_SRC_DIR)/main.o $(BFT_SRC_DIR)/useful_macros.o $(BFT_SRC_DIR)/marking.o $(BFT_SRC_DIR)/merge.o $(BFT_SRC_DIR)/presenceNode.o\
	$(BFT_SRC_DIR)/printMemory.o $(BFT_SRC_DIR)/quicksort.o $(BFT_SRC_DIR)/CC.o $(BFT_SRC_DIR)/replaceAnnotation.o\
	$(BFT_SRC_DIR)/retrieveAnnotation.o $(BFT_SRC_DIR)/snippets.o $(BFT_SRC_DIR)/write_to_disk.o $(BFT_SRC_DIR)/xxhash.o

all: libbft bft clean_files

libbft: $(BFT_FILES_O)
	$(LD) -shared -o $@.$(EXT_SHARED) $^ $(LDFLAGS) $(LIBS)

bft: $(BFT_FILES_O)
	$(LD) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(LIBS)

$(BFT_FILES_O): %.o: %.c
	$(CC) $(BFT_FLAGS) -c $< -o $@

install:
	@install -d -m 755 $(DESTDIR)$(LIBDIR)/ $(DESTDIR)$(BINDIR)/ $(DESTDIR)$(INCLUDEDIR)/bft $(DESTDIR)$(SRCDIR)/bft
	@install -m 755 libbft.$(EXT_SHARED) $(DESTDIR)$(LIBDIR)/libbft.$(EXT_SHARED)
	@install -m 755 bft $(DESTDIR)$(BINDIR)/bft
	@install -m 644 $(BFT_INC_DIR)/*.h $(DESTDIR)$(INCLUDEDIR)/bft
	@install -m 644 $(BFT_SRC_DIR)/*.c $(DESTDIR)$(SRCDIR)/bft
	@echo BFT installation finished

clean_files: 
	rm -f $(BFT_FILES_O)

clean:	clean_files
	rm -f bft libbft.$(EXT_SHARED)

.PHONY: clean