C-PAC v1.8.0 ― rerun

[shnizzedy]

Description

A rerun of a single participant with existing working directory and outputs:

working:

cpac_sub-30024s_ses-1
├── anat_gather_sub-30024s_ses-1
│   └── check_for_s3
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
│       ├── _report
│       │   └── report.rst
│       └── result_check_for_s3.pklz
├── anat_skullstrip_args_42
│   ├── _0xf4de29cecc774a07c979005e6e3985c9.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_anat_skullstrip_args_42.pklz
├── ANTS_T1_to_template_symmetric_60
│   ├── anat_mni_ants_register_symmetric
│   │   ├── calc_ants_warp
│   │   │   ├── _0xe304c8e4b7569b8abc83717d7de228b3.json
│   │   │   ├── command.txt
│   │   │   ├── _inputs.pklz
│   │   │   ├── _node.pklz
│   │   │   ├── _report
│   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   ├── result_calc_ants_warp.pklz
│   │   │   ├── transform0DerivedInitialMovingTranslation.mat
│   │   │   ├── transform1Rigid.mat
│   │   │   ├── transform2Affine.mat
│   │   │   ├── transform3InverseWarp.nii.gz
│   │   │   ├── transform3Warp.nii.gz
│   │   │   └── transform_Warped.nii.gz
│   │   ├── select_forward_affine
│   │   │   ├── _0xe96c6437069ab7c0f437493aa4aca3af.json
│   │   │   ├── _inputs.pklz
│   │   │   ├── _node.pklz
│   │   │   ├── _report
│   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   └── result_select_forward_affine.pklz
│   │   ├── select_forward_initial
│   │   │   ├── _0x938a60d146910bd5dcc3e4d59007c968.json
│   │   │   ├── _inputs.pklz
│   │   │   ├── _node.pklz
│   │   │   ├── _report
│   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   └── result_select_forward_initial.pklz
│   │   ├── select_forward_rigid
│   │   │   ├── _0x633f028012f2915057648243e32fb767.json
│   │   │   ├── _inputs.pklz
│   │   │   ├── _node.pklz
│   │   │   ├── _report
│   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   └── result_select_forward_rigid.pklz
│   │   ├── select_forward_warp
│   │   │   ├── _0xdf0485e8745012b7f60f093a1ab18924.json
│   │   │   ├── _inputs.pklz
│   │   │   ├── _node.pklz
│   │   │   ├── _report
│   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   └── result_select_forward_warp.pklz
│   │   └── select_inverse_warp
│   │       ├── _0xd6a6f4629a10d2f3625a3ce930bbbadf.json
│   │       ├── _inputs.pklz
│   │       ├── _node.pklz
│   │       ├── _report
│   │       │   └── report.rst
│   │       └── result_select_inverse_warp.pklz
│   ├── check_all_inv_transforms
│   │   ├── _0x0cac18f5e3717bbfbb216a529b755681.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_check_all_inv_transforms.pklz
│   ├── check_all_transforms
│   │   ├── _0x97b58a8cd2b1f17e808e0b8716bbc15b.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_check_all_transforms.pklz
│   ├── check_inv_transforms
│   │   ├── _0x19f2a4a907b93823f8c00908c4efe71f.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_check_inv_transforms.pklz
│   ├── check_transforms
│   │   ├── _0xd5ba52403953c3a2be76926a6f28a56b.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_check_transforms.pklz
│   ├── collect_all_inv_transforms_symmetric
│   │   ├── _0xa4a9a0256994d3d8d9a2d46ab8521b74.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_collect_all_inv_transforms_symmetric.pklz
│   ├── collect_all_transforms_symmetric
│   │   ├── _0x09b110ccf034f67622162fcf2dd55717.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_collect_all_transforms_symmetric.pklz
│   ├── collect_inv_transforms_symmetric
│   │   ├── _0x45ca98be6235f6c4792919625d0bbb0d.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_collect_inv_transforms_symmetric.pklz
│   ├── collect_transforms_symmetric
│   │   ├── _0xab3c010d3270a67e84a9c9a72dbe7cb1.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_collect_transforms_symmetric.pklz
│   ├── inverse_all_transform_flags
│   │   ├── _0xc2fd37f6afc8184bf2515ec547025adb.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_inverse_all_transform_flags.pklz
│   ├── inverse_transform_flags
│   │   ├── _0x90f02ad5719284df22160e44ce9ea63d.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_inverse_transform_flags.pklz
│   ├── write_composite_invlinear_symmetric_xfm
│   │   ├── _0x21079e1315dd8d3bdc099be0d2f02de2.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── from-template_to-T1w_mode-image_desc-linear_xfm.nii.gz
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_write_composite_invlinear_symmetric_xfm.pklz
│   ├── write_composite_inv__symmetricxfm
│   │   ├── _0x5a9046bf28814519e01127b274b9781d.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── from-template_to-T1w_mode-image_xfm.nii.gz
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_write_composite_inv__symmetricxfm.pklz
│   ├── write_composite_linear_symmetric_xfm
│   │   ├── _0x0161608cc5e55b40ca105b2c56502a21.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── from-T1w_to-template_mode-image_desc-linear_xfm.nii.gz
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_write_composite_linear_symmetric_xfm.pklz
│   └── write_composite__symmetricxfm
│       ├── _0x41501c590aefbfb42f8d81db58d50653.json
│       ├── command.txt
│       ├── from-T1w_to-template_mode-image_xfm.nii.gz
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
│       ├── _report
│       │   └── report.rst
│       └── result_write_composite__symmetricxfm.pklz
├── create_func_to_T1wsymtemplate_xfm_122
│   └── _scan_sleep
│       ├── change_transform_type
│       │   ├── _0x0f975f1686728237c0eb5d932f1988e7.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   ├── result_change_transform_type.pklz
│       │   └── updated_affine.txt
│       ├── collect_all_transforms
│       │   ├── _0x9eccf2bd2826bd977042a2a669d9a16c.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_collect_all_transforms.pklz
│       ├── collect_inv_transforms
│       │   ├── _0xc689a2d112f395ea6d1f97f4f5bbc296.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_collect_inv_transforms.pklz
│       ├── fsl_reg_2_itk
│       │   ├── _0xdfcb9839057dc219afae6aa6a66e0d0b.json
│       │   ├── affine.txt
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_fsl_reg_2_itk.pklz
│       ├── write_composite_inv_xfm
│       │   ├── _0xf4402272b09076cd34e8201af418c1e3.json
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── from-symtemplate_to-bold_mode-image_xfm.nii.gz
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_write_composite_inv_xfm.pklz
│       └── write_composite_xfm
│           ├── _0x52948418178889d3da0d6f69043ddf42.json
│           ├── command.txt
│           ├── from-bold_to-symtemplate_mode-image_xfm.nii.gz
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_write_composite_xfm.pklz
├── create_func_to_T1wtemplate_xfm_114
│   └── _scan_sleep
│       ├── change_transform_type
│       │   ├── _0xd9907dec3f78954e4c7e679282910014.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   ├── result_change_transform_type.pklz
│       │   └── updated_affine.txt
│       ├── collect_all_transforms
│       │   ├── _0xa499e996d51c3ef73f1ca1be9d25c22c.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_collect_all_transforms.pklz
│       ├── collect_inv_transforms
│       │   ├── _0x505bb0c885016b2ab92fd75d060c0cea.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_collect_inv_transforms.pklz
│       ├── fsl_reg_2_itk
│       │   ├── _0xdfcb9839057dc219afae6aa6a66e0d0b.json
│       │   ├── affine.txt
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_fsl_reg_2_itk.pklz
│       ├── write_composite_inv_xfm
│       │   ├── _0xf66ad1c7ccd8ed871b491b057f07e8e0.json
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── from-template_to-bold_mode-image_xfm.nii.gz
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_write_composite_inv_xfm.pklz
│       └── write_composite_xfm
│           ├── _0xbf445ee0439d2ffc24af1bb3a467b840.json
│           ├── command.txt
│           ├── from-bold_to-template_mode-image_xfm.nii.gz
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_write_composite_xfm.pklz
├── CSF_73
│   └── seg_tissue_priors_template_to_T1
│       └── interp_string
│           ├── _0xc2bd198c82a6abb2c7394199860bcf63.json
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_interp_string.pklz
├── d3.js
├── edit_func_2
│   └── _scan_sleep
│       ├── func_drop_trs
│       │   ├── _0xf7dd5410a8840d018ef83a61b23c9b4a.json
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   ├── result_func_drop_trs.pklz
│       │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc.nii.gz
│       └── func_get_idx
│           ├── _0x44104f016458770c092136cbb377a50d.json
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_func_get_idx.pklz
├── filtering_bold_and_regressors_defaultNoGSR_130
│   └── _scan_sleep
│       └── frequency_filter
│           ├── _0x4cdea873e14f045e5dbc16b0622da93b.json
│           ├── bandpassed_demeaned_filtered.nii.gz
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── regressor_bandpassed_demeaned_filtered.1D
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_frequency_filter.pklz
├── func_ingress_sub-30024s_ses-1
│   └── _scan_sleep
│       ├── check_for_s3
│       │   ├── _0xa318907fffa2c94b85df4379ce8d4a81.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_check_for_s3.pklz
│       ├── check_func_scan
│       │   ├── _0x0ffaef520103e7c0e85aff1d651775d6.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_check_func_scan.pklz
│       ├── s3_scan_params
│       │   ├── _0x5e0542ce39024ad97ecf112322105e9e.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_s3_scan_params.pklz
│       ├── selectrest
│       │   ├── _0x7325b8338043ad441d8938900e3685b5.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_selectrest.pklz
│       └── select_scan_params
│           ├── _0x38020518f3ec466abb3f1e71208aa752.json
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_select_scan_params.pklz
├── func_slice_timing_correction_74
│   └── _scan_sleep
│       └── slice_timing
│           ├── _0xa88ebd1858c210a802b0c71a8489314c.json
│           ├── command.txt
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           ├── result_slice_timing.pklz
│           └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift.nii.gz
├── func_slice_timing_correction_89
│   └── _scan_sleep
│       └── slice_timing
│           ├── _0xe034426321af80cefcfc39f00c809de6.json
│           ├── command.txt
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           ├── result_slice_timing.pklz
│           └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift.nii.gz
├── func_to_anat_bbreg_108
│   ├── _scan_sleep
│   │   └── bbreg_func_to_anat
│   │       ├── _0xdf63aaff71c42878e248d482766a9608.json
│   │       ├── command.txt
│   │       ├── _inputs.pklz
│   │       ├── _node.pklz
│   │       ├── _report
│   │       │   └── report.rst
│   │       ├── result_bbreg_func_to_anat.pklz
│   │       ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat_flirt.mat
│   │       └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat_flirt.nii.gz
│   └── wm_bb_mask
│       ├── _0x3f8c983688cda17795bf564666e9d115.json
│       ├── command.txt
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
│       ├── _report
│       │   └── report.rst
│       ├── result_wm_bb_mask.pklz
│       └── sub-30024s_ses-1_label-WM_probseg_maths.nii.gz
├── func_to_anat_FLIRT_108
│   └── _scan_sleep
│       └── linear_func_to_anat
│           ├── _0x88eff66f35efbeaa3a80cce772565047.json
│           ├── command.txt
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           ├── result_linear_func_to_anat.pklz
│           ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat_flirt.mat
│           └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat_flirt.nii.gz
├── _fwhm_6
│   └── _scan_sleep
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│           ├── _0xc2bd198c82a6abb2c7394199860bcf63.json
│           ├── _inputs.pklz
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├── graph.json
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│   ├── result_nii_space-template_desc-brain_T1w_20.pklz
│   └── sub-30024s_ses-1_space-template_desc-brain_T1w.nii.gz -> /outputs/output/cpac_sleep-first6min/sub-30024s_ses-1/anat/sub-30024s_ses-1_space-template_desc-brain_T1w.nii.gz
├── nuisance_regression_defaultNoGSR_130
│   └── _scan_sleep
│       └── nuisance_regression
│           ├── _0xc48540c1a1bf2e8f4f6ebbccd1fdff70.json
│           ├── command.txt
│           ├── _inputs.pklz
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│           │   └── report.rst
│           ├── residuals.nii.gz
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├── nuisance_regression_scrub_145
│   └── _scan_sleep
│       └── find_offending_time_points
│           ├── _0xf52ec550a11a6cdbcf5cbe2508170d3b.json
│           ├── censors.tsv
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_find_offending_time_points.pklz
├── nuisance_regressors_defaultNoGSR_130
│   ├── aCompCor_merge_masks
│   │   ├── _0x306d93180085ce30b875dfad9079998a.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_aCompCor_merge_masks.pklz
│   ├── aCompCor_union_masks
│   │   ├── _0x38cbbc55e1781836628f139e715b12e4.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── csf_lat_ven_mask_mask.nii.gz
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_aCompCor_union_masks.pklz
│   ├── Anatomical_2mm_flirt
│   │   ├── _0xddaa1634f5ec8fe6a966ad65d86ec1b8.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_Anatomical_2mm_flirt.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_desc-brain_T1w_flirt.nii.gz
│   ├── CerebrospinalFluid_2mm_flirt
│   │   ├── _0x0332ad4f5e110a916bfc7ea22baf79b2.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_CerebrospinalFluid_2mm_flirt.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_label-CSF_desc-preproc_mask_flirt.nii.gz
│   ├── CerebrospinalFluid_2mm_Ventricles
│   │   ├── _0xdd018762b3ee767a8ac8bc713ca9ab8d.json
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│   ├── _scan_sleep
│   │   ├── aCompCor_DetrendPC
│   │   │   ├── _0xde6956b16e5b68aff3080f51dda6e8e6.json
│   │   │   ├── compcor_regressors.1D
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│   │   ├── build_nuisance_regressors
│   │   │   ├── _0x7dca86173e61f4f7184a8c8cd7258ebf.json
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│   │   ├── Functional_2mm_flirt
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│   │   └── functional_mean
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│   │       ├── result_functional_mean.pklz
│   │       └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_maths_tstat.nii.gz
│   ├── VentriclesToAnat_2mm_ants
│   │   ├── _0x6ccea658f89438c085b467801667df17.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── HarvardOxford-lateral-ventricles-thr25-2mm_trans.nii.gz
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_VentriclesToAnat_2mm_ants.pklz
│   ├── VentriclesToAnat_2mm_ants_transforms
│   │   ├── _0xcfed55fe731cdf2f6aa5f89135775eed.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_VentriclesToAnat_2mm_ants_transforms.pklz
│   ├── VentriclesToAnat_2mm_inverse_transform_flags
│   │   ├── _0x9874e01da32987281ac3eab2c584d28a.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_VentriclesToAnat_2mm_inverse_transform_flags.pklz
│   └── WhiteMatter_2mm_flirt
│       ├── _0xa97c8de65f2da2b0fed60c0c22c31ad1.json
│       ├── command.txt
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
│       ├── _report
│       │   └── report.rst
│       ├── result_WhiteMatter_2mm_flirt.pklz
│       └── sub-30024s_ses-1_label-WM_desc-preproc_mask_flirt.nii.gz
├── nuisance_regressors_scrub_145
│   └── _scan_sleep
│       └── functional_mean
│           ├── _0x93a7a60b81fb6c5f3a3578919a428d71.json
│           ├── command.txt
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           ├── result_functional_mean.pklz
│           └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_maths_tstat.nii.gz
├── resampled_T1w_brain_template
│   ├── _0xf4acfc7053e439f05fd6282b8713d9c6.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_resampled_T1w_brain_template.pklz
├── resampled_T1w_brain_template_deriv
│   ├── _0x3960f09b0817cb0ce71c8a62ed53af6b.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_resampled_T1w_brain_template_deriv.pklz
├── resampled_T1w_brain_template_funcreg
│   ├── _0x37950dc60215bea4c566457335878a48.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_resampled_T1w_brain_template_funcreg.pklz
├── resampled_T1w_brain_template_symmetric
│   ├── _0xb3e73db50dad8e9425179d73ef361ca1.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_resampled_T1w_brain_template_symmetric.pklz
├── resampled_T1w_brain_template_symmetric_deriv
│   ├── _0x7ca7e933c8aa0346054d1892d43bf4eb.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_resampled_T1w_brain_template_symmetric_deriv.pklz
├── resampled_T1w_template
│   ├── _0x3f397dc3eb1e15148cf6d270a6e97b0d.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_resampled_T1w_template.pklz
├── resampled_T1w_template_symmetric
│   ├── _0x71ebc789ef35abd5a51adcc291283267.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_resampled_T1w_template_symmetric.pklz
├── resource_monitor.json
├── _scan_sleep
│   ├── anat_to_func_linear_xfm_defaultNoGSR_130
│   │   ├── _0x3b58f9b7235db0bc5b77cce8540cec21.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_anat_to_func_linear_xfm_defaultNoGSR_130.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat_flirt_inv.mat
│   ├── bold_scan_params_sub-30024s_ses-1
│   │   ├── _0x0e73fa42f85dc040ad14708055e2d64b.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_bold_scan_params_sub-30024s_ses-1.pklz
│   ├── chunk_80
│   │   ├── _0x3b7700b96e3a8f3a33384a56732ed562.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_chunk_80.pklz
│   ├── chunk_95
│   │   ├── _0x9b87600e5aac6774a8223bede5410b36.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_chunk_95.pklz
│   ├── erode_one_voxel_82
│   │   ├── _0x56953545a26faf18b7a85688e8915dff.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_erode_one_voxel_82.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_brain_mask_ero.nii.gz
│   ├── erode_one_voxel_97
│   │   ├── _0x030abd69f5ee96a64555ce843c34e455.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_erode_one_voxel_97.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_brain_mask_ero.nii.gz
│   ├── func_concat_80
│   │   ├── _0x1cdd54ef15889d8238844c544727a556.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_concat_80.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat.nii.gz
│   ├── func_concat_95
│   │   ├── _0xf683764e970b9c6dfe61d2f1d4e69056.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_concat_95.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat.nii.gz
│   ├── func_deoblique_77
│   │   ├── _0x347c2c2cdb245ed0f4399e3b3b05727f.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_deoblique_77.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift.nii.gz
│   ├── func_deoblique_92
│   │   ├── _0xa543457f134e1e99758e6495a88ed384.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_deoblique_92.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift.nii.gz
│   ├── func_extract_brain_102
│   │   ├── _0xa3e40c4e24eb5f9fed147f5998361c34.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_extract_brain_102.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc.nii.gz
│   ├── func_extract_brain_87
│   │   ├── _0x67dd8c40943d8e47d920ab6b15905861.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_extract_brain_87.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc.nii.gz
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│   │   ├── _0xced7612994103332a64fe6b17240f147.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── mapflow
│   │   │   ├── _func_generate_ref_800
│   │   │   │   ├── _0x0ab4c702cc931d597fb7d8daa918073c.json
│   │   │   │   ├── command.txt
│   │   │   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   │   ├── _report
│   │   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   │   ├── result__func_generate_ref_800.pklz
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│   │   │   ├── _func_generate_ref_801
│   │   │   │   ├── _0xc46896cc3bbc4b5e92a28445d937d246.json
│   │   │   │   ├── command.txt
│   │   │   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   │   ├── result__func_generate_ref_801.pklz
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│   │   │   └── _func_generate_ref_802
│   │   │       ├── _0xf4e0ef657a7d4e474d5c37089754d92d.json
│   │   │       ├── command.txt
│   │   │       ├── _inputs.pklz
│   │   │       ├── _node.pklz
│   │   │       ├── _report
│   │   │       │   └── report.rst
│   │   │       ├── result__func_generate_ref_802.pklz
│   │   │       └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_2_volreg.nii.gz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_func_generate_ref_80.pklz
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│   │   ├── _0x9cbb28e848a579e63927d58301523698.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   ├── _func_generate_ref_950
│   │   │   │   ├── _0xd834afc1de09b90d76332fb5085069af.json
│   │   │   │   ├── command.txt
│   │   │   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   │   ├── _report
│   │   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   │   ├── result__func_generate_ref_950.pklz
│   │   │   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg.nii.gz
│   │   │   ├── _func_generate_ref_951
│   │   │   │   ├── _0x9c275fba18f00fd9519264e4a5e9ff6d.json
│   │   │   │   ├── command.txt
│   │   │   │   ├── _inputs.pklz
│   │   │   │   ├── _node.pklz
│   │   │   │   ├── _report
│   │   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   │   ├── result__func_generate_ref_951.pklz
│   │   │   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_1_volreg.nii.gz
│   │   │   └── _func_generate_ref_952
│   │   │       ├── _0xc3207d709fe4947b7508ac50e8e111fe.json
│   │   │       ├── command.txt
│   │   │       ├── _inputs.pklz
│   │   │       ├── _node.pklz
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│   │   │       │   └── report.rst
│   │   │       ├── result__func_generate_ref_952.pklz
│   │   │       └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_2_volreg.nii.gz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_func_generate_ref_95.pklz
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│   │   ├── _0x65b1193ae200b20343e5d993335938c6.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_get_brain_mask_BET_82.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_brain_mask.nii.gz
│   ├── func_get_brain_mask_BET_97
│   │   ├── _0x8e2cd1c4ea19d12c0fc724eb0a6deb8e.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_get_brain_mask_BET_97.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_brain_mask.nii.gz
│   ├── func_get_mean_RPI_78
│   │   ├── _0x35f3bba89323e1b749a8d18570647f54.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_get_mean_RPI_78.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_tstat.nii.gz
│   ├── func_get_mean_RPI_93
│   │   ├── _0x4add5e650e04e1c85b8d08da13b5c4be.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_get_mean_RPI_93.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_tstat.nii.gz
│   ├── func_mask_normalize_103
│   │   ├── _0xe33d93cb44a5117a612f84df956277fb.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_mask_normalize_103.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_maths_maths.nii.gz
│   ├── func_mask_normalize_118
│   │   ├── _0x48027c46b88962f92c80678dedef6590.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_mask_normalize_118.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_maths_maths.nii.gz
│   ├── func_mean_104
│   │   ├── _0x03b24fa81f4ff11d9a3e1f5f76e8335b.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_mean_104.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat.nii.gz
│   ├── func_mean_89
│   │   ├── _0xc4a853ac49604b15d4f2fd35fcf1f801.json
│   │   ├── command.txt
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_func_mean_89.pklz
│   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat.nii.gz
│   ├── func_motion_correct_3dvolreg_80
│   │   ├── _0x920be98ea4e1d9aa0a4a42991e3fa1b6.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── mapflow
│   │   │   ├── _func_motion_correct_3dvolreg_800
│   │   │   │   ├── _0x5e64cffebefc15b97e8f09e0e4c03392.json
│   │   │   │   ├── command.txt
│   │   │   │   ├── _inputs.pklz
│   │   │   │   ├── _node.pklz
│   │   │   │   ├── _report
│   │   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   │   ├── result__func_motion_correct_3dvolreg_800.pklz
│   │   │   │   ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0.1D
│   │   │   │   ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0.aff12.1D
│   │   │   │   ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_md.1D
│   │   │   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg.nii.gz
│   │   │   ├── _func_motion_correct_3dvolreg_801
│   │   │   │   ├── _0x3b72329a584bec1ec984dbc229b2c4b6.json
│   │   │   │   ├── command.txt
│   │   │   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   │   │   └── report.rst
│   │   │   │   ├── result__func_motion_correct_3dvolreg_801.pklz
│   │   │   │   ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_1.1D
│   │   │   │   ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_1.aff12.1D
│   │   │   │   ├── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_1_md.1D
│   │   │   │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_1_volreg.nii.gz
│   │   │   └── _func_motion_correct_3dvolreg_802
│   │   │       ├── _0x1c42436b569a08ca257c530456c624f8.json
│   │   │       ├── command.txt
│   │   │       ├── _inputs.pklz
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│   │   │       │   └── report.rst
│   │   │       ├── result__func_motion_correct_3dvolreg_802.pklz
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│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   ├── _0x7f42d300637aafc784959de8b3cc5d95.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_nii_from-bold_to-template_mode-image_xfm_120.pklz
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│   ├── nii_from-template_to-bold_mode-image_xfm_121
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│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
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│   │   ├── result_nii_from-template_to-bold_mode-image_xfm_121.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_from-template_to-bold_mode-image_xfm.nii.gz -> /outputs/working/cpac_sub-30024s_ses-1/create_func_to_T1wtemplate_xfm_114/_scan_sleep/write_composite_inv_xfm/from-template_to-bold_mode-image_xfm.nii.gz
│   ├── nii_max-displacement_83
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│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   ├── result_nii_max-displacement_83.pklz
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│   │   ├── _0xb1ed082198e6ef5d253b19d46965f8cb.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_max-displacement.1D -> /scratch/cpac_sub-30024s_ses-1/_scan_sleep/md1d_concat_95/sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_md.1D
│   ├── nii_motion-params_101
│   │   ├── _0x02b771b442bef68a5e46ce6e843f6675.json
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│   │   │   └── report.rst
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│   ├── nii_motion-params_116
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│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
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│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_nii_motion-params_116.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_motion-params.txt -> /scratch/cpac_sub-30024s_ses-1/gen_motion_stats_105/_scan_sleep/calc_motion_parameters/motion_parameters.txt
│   ├── nii_movement-parameters_84
│   │   ├── _0xf4d0563916faeb36b867762829571e96.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   ├── result_nii_movement-parameters_84.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_movement-parameters.1D -> /outputs/working/cpac_sub-30024s_ses-1/_scan_sleep/oned_concat_80/sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample.1D
│   ├── nii_movement-parameters_99
│   │   ├── _0xd825f1fbe80fac6a8a9b635d533a3972.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
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│   │   │   └── report.rst
│   │   ├── result_nii_movement-parameters_99.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_movement-parameters.1D -> /scratch/cpac_sub-30024s_ses-1/_scan_sleep/oned_concat_95/sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample.1D
│   ├── nii_power-params_100
│   │   ├── _0x0d702ded2232fbf5e267d6512f67f7e9.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   ├── result_nii_power-params_100.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_power-params.txt -> /outputs/working/cpac_sub-30024s_ses-1/gen_motion_stats_90/_scan_sleep/calc_power_parameters/pow_params.txt
│   ├── nii_power-params_115
│   │   ├── _0xfbf63c275f7eac657c56b86f7b7e47cb.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_power-params.txt -> /scratch/cpac_sub-30024s_ses-1/gen_motion_stats_105/_scan_sleep/calc_power_parameters/pow_params.txt
│   ├── nii_regressors_147
│   │   ├── _0x7f2e338a22f14428c0aac01293343a4b.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_regressors.1D -> /outputs/working/cpac_sub-30024s_ses-1/filtering_bold_and_regressors_defaultNoGSR_130/_scan_sleep/frequency_filter/regressor_bandpassed_demeaned_filtered.1D
│   ├── nii_space-bold_desc-brain_mask_106
│   │   ├── _0xfc4e72e6738ab7a1ab598159562c4a94.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   ├── result_nii_space-bold_desc-brain_mask_106.pklz
│   │   └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-bold_desc-brain_mask.nii.gz -> /outputs/working/cpac_sub-30024s_ses-1/_scan_sleep/func_mask_normalize_103/sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_maths_maths.nii.gz
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│   │   ├── _0x5bbf5e21c7938a8defeea045ef897974.json
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│   │   ├── _inputs.pklz
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│       └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_2.nii.gz
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│   └── result_sinker_label-WM_desc-preproc_mask_27.pklz
├── sinker_label-WM_mask_14
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│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_sinker_label-WM_mask_14.pklz
├── sinker_label-WM_probseg_17
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│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_sinker_label-WM_probseg_17.pklz
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│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_sinker_space-T1w_desc-brain_mask_12.pklz
├── sinker_space-template_desc-brain_T1w_20
│   ├── _0x8a3a5a646bed0e0e0b25d2fa6ad727e9.json
│   ├── _inputs.pklz
│   ├── _node.pklz
│   ├── _report
│   │   └── report.rst
│   └── result_sinker_space-template_desc-brain_T1w_20.pklz
├── smooth_symmetric_164
│   └── _scan_sleep
│       └── _fwhm_6
│           └── smooth
│               ├── _0xd3b51f1411e645919cc6a724cdeec8f5.json
│               ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths.nii.gz
│               ├── command.txt
│               ├── _inputs.pklz
│               ├── _node.pklz
│               ├── _report
│               │   └── report.rst
│               └── result_smooth.pklz
├── warp_bold_mask_to_T1template_152
│   ├── interp_string
│   │   ├── _0x1aea1f237210d8db72e01467c3148120.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
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│   │   └── result_interp_string.pklz
│   └── _scan_sleep
│       ├── apply_warp_warp_bold_mask_to_T1template_152
│       │   ├── _0x5cd3b9b9505bd9051458d838d8837ee7.json
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   ├── result_apply_warp_warp_bold_mask_to_T1template_152.pklz
│       │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_tstat_trans.nii.gz
│       └── single_ants_xfm_to_list
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│           ├── _inputs.pklz
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│   ├── interp_string
│   │   ├── _0xc2bd198c82a6abb2c7394199860bcf63.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
│   │   ├── _report
│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_interp_string.pklz
│   └── _scan_sleep
│       ├── apply_warp_warp_bold_mask_to_T1template_156
│       │   ├── _0x9ffbaaadd80261e052d27354d9402a68.json
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   ├── result_apply_warp_warp_bold_mask_to_T1template_156.pklz
│       │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_maths_maths_trans.nii.gz
│       └── single_ants_xfm_to_list
│           ├── _0x5563ebb1a416fa33a922768f8315d8f3.json
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_single_ants_xfm_to_list.pklz
├── warp_bold_mask_to_T1template_167
│   └── interp_string
│       ├── _0x1aea1f237210d8db72e01467c3148120.json
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
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│       │   └── report.rst
│       └── result_interp_string.pklz
├── warp_bold_mask_to_T1template_171
│   └── interp_string
│       ├── _0xc2bd198c82a6abb2c7394199860bcf63.json
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
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│       │   └── report.rst
│       └── result_interp_string.pklz
├── warp_deriv_mask_to_T1template_160
│   ├── interp_string
│   │   ├── _0xc2bd198c82a6abb2c7394199860bcf63.json
│   │   ├── _inputs.pklz
│   │   ├── _node.pklz
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│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_interp_string.pklz
│   └── _scan_sleep
│       ├── apply_warp_warp_deriv_mask_to_T1template_160
│       │   ├── _0x9ffbaaadd80261e052d27354d9402a68.json
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   ├── result_apply_warp_warp_deriv_mask_to_T1template_160.pklz
│       │   └── sub-30024s_task-sleep_bold_calc_tshift_resample_0_volreg_tcat_calc_maths_maths_trans.nii.gz
│       └── single_ants_xfm_to_list
│           ├── _0x5563ebb1a416fa33a922768f8315d8f3.json
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_single_ants_xfm_to_list.pklz
├── warp_deriv_mask_to_T1template_175
│   └── interp_string
│       ├── _0xc2bd198c82a6abb2c7394199860bcf63.json
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
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│       │   └── report.rst
│       └── result_interp_string.pklz
├── warp_ts_to_sym_template_168
│   ├── interp_string
│   │   ├── _0x1aea1f237210d8db72e01467c3148120.json
│   │   ├── _inputs.pklz
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│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_interp_string.pklz
│   └── _scan_sleep
│       ├── _fwhm_6
│       │   ├── apply_warp_warp_ts_to_sym_template_168
│       │   │   ├── _0x21e4d9e8d8aa3dfc7ebabf3c7f8943aa.json
│       │   │   ├── _inputs.pklz
│       │   │   ├── mapflow
│       │   │   │   ├── _apply_warp_warp_ts_to_sym_template_1680
│       │   │   │   │   ├── _0x237cc7d03bee9586cb5f1e9d92854e41.json
│       │   │   │   │   ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths_0_trans.nii.gz
│       │   │   │   │   ├── command.txt
│       │   │   │   │   ├── _inputs.pklz
│       │   │   │   │   ├── _node.pklz
│       │   │   │   │   ├── _report
│       │   │   │   │   │   └── report.rst
│       │   │   │   │   └── result__apply_warp_warp_ts_to_sym_template_1680.pklz
│       │   │   │   ├── _apply_warp_warp_ts_to_sym_template_1681
│       │   │   │   │   ├── _0xb9194afa8bc4e10b1aa7529ca7def3ad.json
│       │   │   │   │   ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths_1_trans.nii.gz
│       │   │   │   │   ├── command.txt
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│       │   │   │   │   │   └── report.rst
│       │   │   │   │   └── result__apply_warp_warp_ts_to_sym_template_1681.pklz
│       │   │   │   └── _apply_warp_warp_ts_to_sym_template_1682
│       │   │   │       ├── _0x1079e30520a05902eb7d57e8c8608a3e.json
│       │   │   │       ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths_2_trans.nii.gz
│       │   │   │       ├── command.txt
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│       │   │   │       └── result__apply_warp_warp_ts_to_sym_template_1682.pklz
│       │   │   ├── _node.pklz
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│       │   ├── chunk_warp_ts_to_sym_template_168
│       │   │   ├── _0xbf5bd1765a79516d3619ba911c6a6ce5.json
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│       │   │   │   └── report.rst
│       │   │   └── result_chunk_warp_ts_to_sym_template_168.pklz
│       │   ├── func_concat_warp_ts_to_sym_template_168
│       │   │   ├── _0x22f54e4771ff4fc306191935e3888ddc.json
│       │   │   ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths_0_trans_tcat.nii.gz
│       │   │   ├── command.txt
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│       │   │   ├── _node.pklz
│       │   │   ├── _report
│       │   │   │   └── report.rst
│       │   │   └── result_func_concat_warp_ts_to_sym_template_168.pklz
│       │   └── split_warp_ts_to_sym_template_168
│       │       ├── _0xa8686d19f62f5c0d5c9c014ea0e99000.json
│       │       ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths_0.nii.gz
│       │       ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths_1.nii.gz
│       │       ├── bandpassed_demeaned_filtered_maths_2.nii.gz
│       │       ├── _inputs.pklz
│       │       ├── _node.pklz
│       │       ├── _report
│       │       │   └── report.rst
│       │       └── result_split_warp_ts_to_sym_template_168.pklz
│       └── single_ants_xfm_to_list
│           ├── _0x0a303253a985100398a3edc4bb188c6f.json
│           ├── _inputs.pklz
│           ├── _node.pklz
│           ├── _report
│           │   └── report.rst
│           └── result_single_ants_xfm_to_list.pklz
├── warp_ts_to_sym_template_183
│   └── interp_string
│       ├── _0x1aea1f237210d8db72e01467c3148120.json
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
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│       │   └── report.rst
│       └── result_interp_string.pklz
├── warp_ts_to_T1template_148
│   ├── interp_string
│   │   ├── _0x1aea1f237210d8db72e01467c3148120.json
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│   │   ├── _node.pklz
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│   │   │   └── report.rst
│   │   └── result_interp_string.pklz
│   └── _scan_sleep
│       ├── apply_warp_warp_ts_to_T1template_148
│       │   ├── _0x92f461512f77e95b5a28864ebe30ace4.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── mapflow
│       │   │   ├── _apply_warp_warp_ts_to_T1template_1480
│       │   │   │   ├── _0xaf97e93a70121cfa39749b1ec5d9a551.json
│       │   │   │   ├── bandpassed_demeaned_filtered_0_trans.nii.gz
│       │   │   │   ├── command.txt
│       │   │   │   ├── _inputs.pklz
│       │   │   │   ├── _node.pklz
│       │   │   │   ├── _report
│       │   │   │   │   └── report.rst
│       │   │   │   └── result__apply_warp_warp_ts_to_T1template_1480.pklz
│       │   │   ├── _apply_warp_warp_ts_to_T1template_1481
│       │   │   │   ├── _0x5621790db459ef834397a0e4db6174b5.json
│       │   │   │   ├── bandpassed_demeaned_filtered_1_trans.nii.gz
│       │   │   │   ├── command.txt
│       │   │   │   ├── _inputs.pklz
│       │   │   │   ├── _node.pklz
│       │   │   │   ├── _report
│       │   │   │   │   └── report.rst
│       │   │   │   └── result__apply_warp_warp_ts_to_T1template_1481.pklz
│       │   │   └── _apply_warp_warp_ts_to_T1template_1482
│       │   │       ├── _0x754f720a9cef50df9c63d0902d89b26a.json
│       │   │       ├── bandpassed_demeaned_filtered_2_trans.nii.gz
│       │   │       ├── command.txt
│       │   │       ├── _inputs.pklz
│       │   │       ├── _node.pklz
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│       │   │       └── result__apply_warp_warp_ts_to_T1template_1482.pklz
│       │   ├── _node.pklz
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│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_apply_warp_warp_ts_to_T1template_148.pklz
│       ├── chunk_warp_ts_to_T1template_148
│       │   ├── _0xf842218e172d9403bac747e1b3a90447.json
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│       │   └── result_chunk_warp_ts_to_T1template_148.pklz
│       ├── func_concat_warp_ts_to_T1template_148
│       │   ├── _0xb05a4845afe9e649bbd1c91b15929ea7.json
│       │   ├── bandpassed_demeaned_filtered_0_trans_tcat.nii.gz
│       │   ├── command.txt
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
│       │   ├── _report
│       │   │   └── report.rst
│       │   └── result_func_concat_warp_ts_to_T1template_148.pklz
│       ├── single_ants_xfm_to_list
│       │   ├── _0x5563ebb1a416fa33a922768f8315d8f3.json
│       │   ├── _inputs.pklz
│       │   ├── _node.pklz
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│       │   └── result_single_ants_xfm_to_list.pklz
│       └── split_warp_ts_to_T1template_148
│           ├── _0xc1e97e289dbcab67243c0e0a1863f584.json
│           ├── bandpassed_demeaned_filtered_0.nii.gz
│           ├── bandpassed_demeaned_filtered_1.nii.gz
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│           ├── _inputs.pklz
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│           │   └── report.rst
│           └── result_split_warp_ts_to_T1template_148.pklz
├── warp_ts_to_T1template_163
│   └── interp_string
│       ├── _0x1aea1f237210d8db72e01467c3148120.json
│       ├── _inputs.pklz
│       ├── _node.pklz
│       ├── _report
│       │   └── report.rst
│       └── result_interp_string.pklz
└── WM_73
    └── seg_tissue_priors_template_to_T1
        └── interp_string
            ├── _0xc2bd198c82a6abb2c7394199860bcf63.json
            ├── _inputs.pklz
            ├── _node.pklz
            ├── _report
            │   └── report.rst
            └── result_interp_string.pklz

1050 directories, 2748 files

output:

cpac_sleep-0.2Scrubbing/sub-30024s_ses-1
└── func
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_coordinate-transformation.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_coordinate-transformation.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-brain_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-brain_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-mean_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-mean_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-motion_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-motion_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-preproc_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-preproc_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_dvars.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_dvars.txt
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-jenkinson.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-jenkinson.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-power.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-power.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_max-displacement.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_max-displacement.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_motion-params.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_motion-params.txt
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_movement-parameters.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_movement-parameters.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_power-params.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_power-params.txt
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-bold_desc-brain_mask.json
    └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-bold_desc-brain_mask.nii.gz
cpac_sleep-fisrt6min/sub-30024s_ses-1
├── anat
│   ├── sub-30024s_ses-1_desc-brain_T1w.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_desc-brain_T1w.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_desc-preproc_T1w.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_desc-preproc_T1w.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_desc-reorient_T1w.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_desc-reorient_T1w.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-T1w_to-template_mode-image_desc-linear_xfm.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-T1w_to-template_mode-image_desc-linear_xfm.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-T1w_to-template_mode-image_desc-nonlinear_xfm.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-T1w_to-template_mode-image_desc-nonlinear_xfm.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-T1w_to-template_mode-image_xfm.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-T1w_to-template_mode-image_xfm.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-template_to-T1w_mode-image_desc-linear_xfm.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-template_to-T1w_mode-image_desc-linear_xfm.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-template_to-T1w_mode-image_desc-nonlinear_xfm.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-template_to-T1w_mode-image_desc-nonlinear_xfm.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-template_to-T1w_mode-image_xfm.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_from-template_to-T1w_mode-image_xfm.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-CSF_desc-preproc_mask.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-CSF_desc-preproc_mask.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-CSF_mask.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-CSF_mask.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-CSF_probseg.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-CSF_probseg.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-GM_desc-preproc_mask.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-GM_desc-preproc_mask.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-GM_mask.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-GM_mask.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-GM_probseg.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-GM_probseg.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-WM_desc-preproc_mask.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-WM_desc-preproc_mask.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-WM_mask.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-WM_mask.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-WM_probseg.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_label-WM_probseg.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_space-T1w_desc-brain_mask.json
│   ├── sub-30024s_ses-1_space-T1w_desc-brain_mask.nii.gz
│   ├── sub-30024s_ses-1_space-template_desc-brain_T1w.json
│   └── sub-30024s_ses-1_space-template_desc-brain_T1w.nii.gz
└── func
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_coordinate-transformation.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_coordinate-transformation.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-brain_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-brain_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-cleaned_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-cleaned_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-mean_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-mean_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-motion_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-motion_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-preproc_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-preproc_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-sm6_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_desc-sm6_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_dvars.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_dvars.txt
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-jenkinson.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-jenkinson.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-power.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-power.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_from-bold_to-T1w_mode-image_desc-linear_xfm.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_from-bold_to-T1w_mode-image_desc-linear_xfm.mat
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_from-bold_to-template_mode-image_xfm.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_from-bold_to-template_mode-image_xfm.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_from-template_to-bold_mode-image_xfm.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_from-template_to-bold_mode-image_xfm.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_max-displacement.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_max-displacement.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_motion-params.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_motion-params.txt
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_movement-parameters.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_movement-parameters.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_power-params.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_power-params.txt
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_regressors.1D
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_regressors.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-bold_desc-brain_mask.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-bold_desc-brain_mask.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-T1w_desc-mean_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-T1w_desc-mean_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-template_desc-cleaned_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-template_desc-cleaned_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-template_desc-mean_bold.json
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_space-template_desc-mean_bold.nii.gz
    ├── sub-30024s_ses-1_task-sleep_vmhc.json
    └── sub-30024s_ses-1_task-sleep_vmhc.nii.gz

3 directories, 112 files

Version

1.8.0

Container

fcpindi/c-pac:latest

System

server (lisa): Debian 11 (bullseye)

Data Size

No response

Results

Error of subject workflow cpac_sub-30024s_ses-1

CPAC run error:

    Pipeline configuration: sleep-0.2Scrubbing 
    Subject workflow: cpac_sub-30024s_ses-1
    Elapsed run time (minutes): 5.820073088010152
    Timing information saved in /outputs/log/cpac_individual_timing_sleep-0.2Scrubbing.csv
    System time of start:      2021-09-15 17:52:48


Traceback (most recent call last):
  File "/code/CPAC/pipeline/cpac_pipeline.py", line 450, in run_workflow
    workflow.run(plugin=plugin, plugin_args=plugin_args)
  File "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/engine/workflows.py", line 632, in run
    runner.run(execgraph, updatehash=updatehash, config=self.config)
  File "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/plugins/base.py", line 192, in run
    report_nodes_not_run(notrun)
  File "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/plugins/tools.py", line 98, in report_nodes_not_run
    ("Workflow did not execute cleanly. " "Check log for details")
RuntimeError: Workflow did not execute cleanly. Check log for details

crash-20210915-175339-UID1014-check_for_s3-778c0fcd-cecf-4137-aaae-2e57b9d1645f.txt

Run Command:

docker run \
    --user $(id -u $whoami):$(getent group docker | cut -d : -f 3) \
    --security-opt=apparmor:unconfined \
    -i --rm \
    -v $COPY_DIR/working:/scratch \
    -v $COPY_DIR:/outputs \
    -v /data3/cnl/reruns/configs:/config \
    -v /data3/autism_center/wave1/BIDS:/bids_dataset \
    fcpindi/c-pac:latest /bids_dataset /outputs participant \
    --pipeline_file /config/pipeline_config_cpac_1.8.0_sleep_0.2mm_Scrubbing.yml \
    --save_working_dir /scratch \
    --tracking_opt-out \
    --n_cpus 20 --mem_gb 20 \
    --participant_label 30024s

Pipeline Config

cpac_pipeline_config_2021-09-15T17-50-55Z.yml

Data Config

cpac_data_config_2021-09-15T17-50-55Z.yml.txt

Default Pipeline Diff

cpac_pipeline_config_2021-09-15T17-50-55Z_min.yml

Screenshots of brain extraction and registration wireframe overlays from QC pages

No response

Node timing information

No response

Extracted time series 1D and nuisance regressors 1D correlations against previous version or some benchmark

No response