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working:
cpac_sub-30021s_ses-1 ├── anat_gather_sub-30021s_ses-1 │ └── check_for_s3 │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── anat_skullstrip_args_42 │ ├── _0xf4de29cecc774a07c979005e6e3985c9.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_anat_skullstrip_args_42.pklz ├── ANTS_T1_to_template_symmetric_60 │ ├── anat_mni_ants_register_symmetric │ │ ├── calc_ants_warp │ │ │ ├── _0x23e248cb5c8eac2bd7189af439db3e5d.json │ │ │ ├── command.txt │ │ │ ├── _inputs.pklz │ │ │ ├── _node.pklz │ │ │ ├── _report │ │ │ │ └── report.rst │ │ │ ├── result_calc_ants_warp.pklz │ │ │ ├── transform0DerivedInitialMovingTranslation.mat │ │ │ ├── transform1Rigid.mat │ │ │ ├── transform2Affine.mat │ │ │ ├── transform3InverseWarp.nii.gz │ │ │ ├── transform3Warp.nii.gz │ │ │ └── transform_Warped.nii.gz │ │ ├── select_forward_affine │ │ │ ├── _0x40aa9c7a3b73f233f1d0d52d1ffe567e.json │ │ │ ├── _inputs.pklz │ │ │ ├── _node.pklz 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_0x0a4d8eb1a004232fe55756f5f6942392.json │ ├── command.txt │ ├── from-T1w_to-template_mode-image_xfm.nii.gz │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_write_composite__symmetricxfm.pklz ├── create_func_to_T1wsymtemplate_xfm_122 │ └── _scan_sleep │ ├── change_transform_type │ │ ├── _0xc433a7a3a40a542dfa1ea086129594dc.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ ├── result_change_transform_type.pklz │ │ └── updated_affine.txt │ ├── collect_all_transforms │ │ ├── _0xadd3105561188ec09ac8551dacf44661.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_collect_all_transforms.pklz │ ├── collect_inv_transforms │ │ ├── _0x9d6a35a2f5afc61860ae7c8c705d6f1f.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_collect_inv_transforms.pklz │ ├── fsl_reg_2_itk │ │ ├── _0x63220d80933a085a6512f6ca50c27a8f.json │ │ ├── affine.txt │ │ ├── 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_0x60ee5e0475ab7f15c41ae9350d1250e7.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_collect_all_transforms.pklz │ ├── collect_inv_transforms │ │ ├── _0x006a76e6edac7875ca5b08714f63b1e2.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_collect_inv_transforms.pklz │ ├── fsl_reg_2_itk │ │ ├── _0x63220d80933a085a6512f6ca50c27a8f.json │ │ ├── affine.txt │ │ ├── command.txt │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_fsl_reg_2_itk.pklz │ ├── write_composite_inv_xfm │ │ ├── _0xaaa9d510b309739f42542277c73b5520.json │ │ ├── command.txt │ │ ├── from-template_to-bold_mode-image_xfm.nii.gz │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_write_composite_inv_xfm.pklz │ └── write_composite_xfm │ ├── _0x1dc1ab8fbf053c2e1e905e15ceef418a.json │ ├── command.txt │ ├── from-bold_to-template_mode-image_xfm.nii.gz │ ├── 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id_string_desc-sm_bold_181 │ │ ├── _0x4cc25398fb08893e1d677d359008c215.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_id_string_desc-sm_bold_181.pklz │ ├── json_desc-sm_bold_166 │ │ ├── _0xcf0fd308e3eb7f7c2f1b2f8fd89e4c8f.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ ├── result_json_desc-sm_bold_166.pklz │ │ └── sub-30021s_ses-1_task-sleep_desc-sm6_bold.json │ └── json_desc-sm_bold_181 │ ├── _0x88a80b0387724d051f6af69c3578c30e.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ ├── result_json_desc-sm_bold_181.pklz │ └── sub-30021s_ses-1_task-sleep_desc-sm6_bold.json ├── gather_CSF_path │ └── check_for_s3 │ ├── _0x5bacf7b10e3739021d9cdf0beda74b80.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_desc-brain_T1w │ └── check_for_s3 │ ├── _0xe60940bda0e406785649942d96eb063d.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_desc-preproc_T1w │ └── check_for_s3 │ ├── _0xa2faa15df8c057e91273c762c3f14584.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_desc-reorient_T1w │ └── check_for_s3 │ ├── _0x44f609203a333af6a457433fc7b89526.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_dilated_symmetric_brain_mask │ └── check_for_s3 │ ├── _0x67f25e20acd8c4083757d7acde2f9281.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_from-T1w_to-template_mode-image_desc-linear_xfm │ └── check_for_s3 │ ├── _0xe19858e6829cee2e5ab7aeed999118bc.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_from-T1w_to-template_mode-image_desc-nonlinear_xfm │ └── check_for_s3 │ ├── _0x8fa8392f836b92a6b4e47f5b67a15521.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_from-T1w_to-template_mode-image_xfm │ └── check_for_s3 │ ├── _0xfaf6505555e5466355812941655d5d3c.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_from-template_to-T1w_mode-image_desc-linear_xfm │ └── check_for_s3 │ ├── _0xcf8aa57a42d32e6f9a58e59282f43ca1.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_from-template_to-T1w_mode-image_desc-nonlinear_xfm │ └── check_for_s3 │ ├── _0xf2a52708cbc0c69988bee396172ef0c6.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── result_check_for_s3.pklz ├── gather_from-template_to-T1w_mode-image_xfm │ └── check_for_s3 │ ├── _0x0542b5dbd601d36ceb870d4b85b078ac.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ └── 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├── _report │ │ └── report.rst │ ├── result_nii_space-T1w_desc-brain_mask_12.pklz │ └── sub-30021s_ses-1_space-T1w_desc-brain_mask.nii.gz -> /outputs/output/cpac_sleep-first6min/sub-30021s_ses-1/anat/sub-30021s_ses-1_space-T1w_desc-brain_mask.nii.gz ├── nii_space-template_desc-brain_T1w_20 │ ├── _0xc31a9694eccbc06540d76c925098c151.json │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ ├── result_nii_space-template_desc-brain_T1w_20.pklz │ └── sub-30021s_ses-1_space-template_desc-brain_T1w.nii.gz -> /outputs/output/cpac_sleep-first6min/sub-30021s_ses-1/anat/sub-30021s_ses-1_space-template_desc-brain_T1w.nii.gz ├── nuisance_regression_defaultNoGSR_130 │ └── _scan_sleep │ └── nuisance_regression │ ├── _0xddad8e5cf7296620ce9b06912f672e08.json │ ├── command.txt │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ ├── residuals.nii.gz │ └── result_nuisance_regression.pklz ├── nuisance_regression_scrub_145 │ └── _scan_sleep │ └── 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├── _0xb52b05983f5553c007fb8fc4876033c3.json │ │ ├── command.txt │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ ├── result_CerebrospinalFluid_2mm_flirt.pklz │ │ └── sub-30021s_ses-1_label-CSF_desc-preproc_mask_flirt.nii.gz │ ├── CerebrospinalFluid_2mm_Ventricles │ │ ├── _0x9284dc4a70e5b90464848ae43d116d3e.json │ │ ├── command.txt │ │ ├── csf_lat_ven_mask.nii.gz │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_CerebrospinalFluid_2mm_Ventricles.pklz │ ├── _scan_sleep │ │ ├── aCompCor_DetrendPC │ │ │ ├── _0x124ed0f3001abbe88c880edf454cb9c3.json │ │ │ ├── compcor_regressors.1D │ │ │ ├── _inputs.pklz │ │ │ ├── _node.pklz │ │ │ ├── _report │ │ │ │ └── report.rst │ │ │ └── result_aCompCor_DetrendPC.pklz │ │ ├── build_nuisance_regressors │ │ │ ├── _0xf9fae3361ccea4dd79ee694315a99172.json │ │ │ ├── _inputs.pklz │ │ │ ├── _node.pklz │ │ │ ├── nuisance_regressors.1D │ │ │ ├── _report │ │ │ │ └── report.rst │ │ │ └── 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├── _0x43eb8abff1dbf41e24fe1054a41ee25e.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_VentriclesToAnat_2mm_ants_transforms.pklz │ ├── VentriclesToAnat_2mm_inverse_transform_flags │ │ ├── _0x36f816140bfa53f222d0212e819ce095.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ └── result_VentriclesToAnat_2mm_inverse_transform_flags.pklz │ └── WhiteMatter_2mm_flirt │ ├── _0x7ade3dc99731d835c3c31b5bf1948b87.json │ ├── command.txt │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ ├── result_WhiteMatter_2mm_flirt.pklz │ └── sub-30021s_ses-1_label-WM_desc-preproc_mask_flirt.nii.gz ├── nuisance_regressors_scrub_145 │ └── _scan_sleep │ └── functional_mean │ ├── _0x2b9e15e3293d479ddca80a757f51210c.json │ ├── command.txt │ ├── _inputs.pklz │ ├── _node.pklz │ ├── _report │ │ └── report.rst │ ├── result_functional_mean.pklz │ └── 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│ └── report.rst │ │ ├── result_nii_dvars_99.pklz │ │ └── sub-30021s_ses-1_task-sleep_dvars.txt -> /outputs/working/cpac_sub-30021s_ses-1/gen_motion_stats_90/_scan_sleep/cal_DVARS/DVARS.txt │ ├── nii_framewise-displacement-jenkinson_113 │ │ ├── _0xd603804bd824ca507e981127aa8b0f4f.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ ├── result_nii_framewise-displacement-jenkinson_113.pklz │ │ └── sub-30021s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-jenkinson.1D -> /scratch/cpac_sub-30021s_ses-1/gen_motion_stats_105/_scan_sleep/calculate_FDJ/FD_J.1D │ ├── nii_framewise-displacement-jenkinson_98 │ │ ├── _0xa7371cd6776a60e16a0a893322e1a9cb.json │ │ ├── _inputs.pklz │ │ ├── _node.pklz │ │ ├── _report │ │ │ └── report.rst │ │ ├── result_nii_framewise-displacement-jenkinson_98.pklz │ │ └── sub-30021s_ses-1_task-sleep_framewise-displacement-jenkinson.1D -> /outputs/working/cpac_sub-30021s_ses-1/gen_motion_stats_90/_scan_sleep/calculate_FDJ/FD_J.1D │ ├── 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output:
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1.8.0
fcpindi/c-pac:latest
server (lisa): Debian 11 (bullseye)
No response
Error of subject workflow cpac_sub-30021s_ses-1 CPAC run error: Pipeline configuration: sleep-0.2Scrubbing Subject workflow: cpac_sub-30021s_ses-1 Elapsed run time (minutes): 6.418776273727417 Timing information saved in /outputs/log/cpac_individual_timing_sleep-0.2Scrubbing.csv System time of start: 2021-09-15 17:38:42 Traceback (most recent call last): File "/code/CPAC/pipeline/cpac_pipeline.py", line 450, in run_workflow workflow.run(plugin=plugin, plugin_args=plugin_args) File "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/engine/workflows.py", line 632, in run runner.run(execgraph, updatehash=updatehash, config=self.config) File "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/plugins/base.py", line 192, in run report_nodes_not_run(notrun) File "/usr/local/miniconda/lib/python3.7/site-packages/nipype/pipeline/plugins/tools.py", line 98, in report_nodes_not_run ("Workflow did not execute cleanly. " "Check log for details") RuntimeError: Workflow did not execute cleanly. Check log for details
crash-20210915-173944-UID1014-check_for_s3-7c73ec6b-cc5e-41d1-ba25-2e4d06e0ea22.txt
docker run \ --user $(id -u $whoami):$(getent group docker | cut -d : -f 3) \ --security-opt=apparmor:unconfined \ -i --rm \ -v $COPY_DIR/working:/scratch \ -v $COPY_DIR:/outputs \ -v /data3/cnl/reruns/configs:/config \ -v /data3/autism_center/wave1/BIDS:/bids_dataset \ fcpindi/c-pac:latest /bids_dataset /outputs participant \ --pipeline_file /config/pipeline_config_cpac_1.8.0_sleep_0.2mm_Scrubbing.yml \ --save_working_dir /scratch \ --tracking_opt-out \ --n_cpus 20 --mem_gb 20 \ --participant_label 30021s
cpac_pipeline_config_2021-09-15T17-36-57Z.yml
cpac_data_config_2021-09-15T17-36-57Z.yml
cpac_pipeline_config_2021-09-15T17-36-57Z_min.yml
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No branches or pull requests
Description
A rerun of a single participant with existing working directory and outputs:
working:
output:
Version
1.8.0
Container
fcpindi/c-pac:latest
System
server (lisa): Debian 11 (bullseye)
Data Size
No response
Results
crash-20210915-173944-UID1014-check_for_s3-7c73ec6b-cc5e-41d1-ba25-2e4d06e0ea22.txt
Run Command:
Pipeline Config
cpac_pipeline_config_2021-09-15T17-36-57Z.yml
Data Config
cpac_data_config_2021-09-15T17-36-57Z.yml
Default Pipeline Diff
cpac_pipeline_config_2021-09-15T17-36-57Z_min.yml
Screenshots of brain extraction and registration wireframe overlays from QC pages
No response
Node timing information
No response
Extracted time series 1D and nuisance regressors 1D correlations against previous version or some benchmark
No response
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